Hasil audit keuangan Tahun Anggaran 2016/2017 oleh Unit Internal Auditor, salah satunya merekomendasikan Biro Keuangan melakukan pendampingan pembukuan keuangan kepada para pemegang kuasa anggaran (Pimpinan Unit dan Bendahara), yang beberapa diantaranya belum melakukan pembukuan keuangan dengan baik. Menindaklanjuti rekomendasi tersebut, pada tanggal 26 April 2018 bertempat di Ruang Seminar Gd. Induk Siti Walidah Biro Keuangan mengadakan workshop pembukuan keuangan. Pada awal sesi, Kepala Biro Keuangan M. Mujiburohman, Ph.D. menyampaikan pengantar workshop, menyoroti beberapa permasalahan tatakelola keuangan, mulai dari penganggaran yang tidak sesuai pagu, pelaporan LPJ keuangan yang tidak tepat ataupun terlambat, serta pembukuan keuangan yang belum ideal. Khusus terkait pembukuan keuangan, dipaparkan pula bahwa agar pembukuan keuangan yang baik tercapai, diperlukan workshop sekaligus pendampingan langsung pasca-workshop.
Pada sesi kedua Ketua Internal Auditor Dr. Rina Trisnawati menyampaikan beberapa rekomendasi hasil audit keuangan, salah satunya terkait pembukuan keuangan yang belum optimal, yang oleh Biro Keuangan ditindaklanjuti dengan workshop ini. Sesi selanjutnya diisi dengan inti workshop yaitu penjelasan dan simulasi cara melakukan pembukuan keuangan secara sistemik oleh Kabag Anggaran Biro Keuangan Noto Narwanto, S.T. Agar pekerjaan Bendahara tidak bertambah berat, pembukuan atau pencatatan keuangan diintegrasikan dengan pelaporan LPJ keuangan melalui aplikasi Sistem Keuangan yang sudah dikenal. Di akhir sesi beberapa peserta mempraktikkan cara melakukan pembukuan keuangan menggunakan fasilitas yang disediakan di aplikasi Sistem Keuangan.
Agar tujuan pembukuan keuangan efektif tercapai, setelah workshop akan dilakukan pendampingan langsung, dengan kelompok pendampingan sebagai berikut:
