Pengelolaan keuangan di Universitas Muhammadiyah Surakarta, mulai dari perencanaan anggaran, pengelolaan anggaran, sampai dengan pertanggungjawaban penggunaan anggaran, dilakukan melalui mekanisme yang sangat akuntabel dan transparan.
Akuntabilitas dan transparansi perencanaan, pengelolaan, dan pertanggungjawaban anggaran ditunjukkan dari keberadaan beberapa aspek berikut:
- Keterlibatan Pimpinan Universitas dalam mengkoordinir dan mengarahkan program-program pengembangan fakultas/program studi/unit yang sejalan dengan visi-misi universitas,
- Keterlibatan dosen-karyawan dalam pembahasan perencanaan program pengembangan fakultas/program studi/unit,
- Standardisasi pagu anggaran dan tarif,
- Review kegiatan dan nego-costing anggaran oleh tim reviewer,
- Sistem cash management dalam proses pencairan anggaran,
- Pelaporan penggunaan anggaran secara online dan fisik,
- Audit kegiatan oleh Lembaga Penjaminan Mutu, dan
- Audit keuangan oleh Biro Auditor Internal, serta Lembaga Pembina dan Pengawas Keuangan (LPPK) PP Muhammadiyah.
Untuk memastikan penggunaan anggaran akuntabel, selain melalui pemeriksaan LPJ keuangan oleh Biro Administrasi Keuangan, Biro Auditor Internal melakukan audit keuangan setiap tahun. LPPK PP Muhammadiyah juga melakukan audit keuangan secara periodik.